En verano los conejos están más expuestos a mosquitos y a otros artrópodos, transmisores de la enfermedad conocida como mixomatosis, por ello es entonces cuando se deben vacunar sistemáticamente para prevenir la enfermedad. Se debe también limitar el contacto de los conejos con reservorios silvestres, particularmente en las inmediaciones de explotaciones industriales. Si no lo puede evitar, extreme las medidas de prevención (mosquiteras, desinsectación). La mixomatosis es una enfermedad vírica causada por el virus mixoma (MV), (género Leporipoxvirus de la familia Poxviridae). Se trata de una enfermedad específica del conejo europeo muy contagiosa y mortal. En España la enfermedad es endémica y puede causar una mortalidad superior al 50% de la población.
Para determinar si el conejo sufre esta enfermedad se deben investigar los mixomas, las mucosas (conjuntivitis y rinitis), el pulmón (petequias) y el suero. Como prueba directa se puede utilizar la inoculación de medicamentos o vacunas a los conejos sensibles a este virus. Un análisis indirecto permite detectar de anticuerpos específicos en suero. Si este ensayo da un resultado negativo, es un signo de que el conejo ha tenido contacto con el virus, bien por haber sido vacunado o debido a una infección natural. Ésta, a su vez, puede continuar activa o haber sido superada por el conejo. Los test serológicos no permiten distinguir entre animales infectados naturalmente y vacunados. Las técnicas virológicas, inmunohistoquímicas y de PCR para detectar el virus en tejidos son costosas.